PBS脚本编程入门指南79

PBS（Portable Batch System）是一种工作调度系统，用于管理高性能计算（HPC）环境中的计算任务。本教程将指导您入门 PBS 脚本编程，让您能够提交和管理 HPC 任务。

PBS 任务脚本

PBS 任务脚本是一个文本文件，包含指令，告诉 PBS 如何运行任务。脚本遵循特定语法，包括以下部分：* 头文件：指定 PBS 指令，例如作业名称、请求资源和依赖关系。
* 作业包含要执行的命令。

头文件

头文件包含 PBS 指令，使用 "#PBS" 开头。以下是一些常用指令：* #PBS -N：作业名称
* #PBS -l：资源请求（例如 CPU、内存）
* #PBS -d：工作目录
* #PBS -q：队列名称
* #PBS -j oe：合并输出和错误文件

作业主体

作业主体包含要执行的命令。这些命令通常使用 shell 脚本语言编写，例如 BASH。例如，以下代码将编译并运行一个 C 程序：```
#!/bin/bash
gcc -o my_program my_program.c
./my_program
```

提交 PBS 任务

要提交 PBS 任务，请使用以下命令：```
qsub
```

这将提交脚本文件 "" 中定义的任务。

任务管理

一旦提交任务，您可以使用以下命令对其进行管理：* qstat：查看任务状态
* qdel：删除任务
* qsub -b：重新提交失败的任务

PBS 脚本编程示例

以下是一个完整的 PBS 脚本示例，用于编译并运行 C 程序：```
#PBS -N my_job
#PBS -l nodes=1:ppn=8,walltime=00:10:00
#PBS -d /home/user/my_dir
#PBS -q batch
#PBS -j oe
#!/bin/bash
gcc -o my_program my_program.c
./my_program
```

此脚本将提交一个名为 "my_job" 的任务，请求 8 个 CPU 核，运行时间为 10 分钟，工作目录为 "/home/user/my_dir"，并将其输出和错误信息合并到一个文件中。

常见问题解答

以下是有关 PBS 脚本编程的一些常见问题：* 如何查看任务进度？

使用 "qstat -f " 命令查看有关任务进度的详细信息。
* 如何取消所有任务？

使用 "qdel -a" 命令取消所有提交的任务。
* 如何指定任务依赖关系？

使用 "#PBS -W depend=afterany:" 指令指定依赖关系。

2025-01-03

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